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上新 | 觸手可及！表觀研究利器ATAC-seq你get了嗎？
發(fā)布時(shí)間：
2024-02-26
表觀遺傳是一種在不改變DNA序列的前提下，通過(guò)其他機(jī)制也能引起基因表達(dá)或細(xì)胞表型變化的生物學(xué)現(xiàn)象。表觀研究涉及的范圍非常廣泛，包括DNA甲基化，組蛋白修飾，轉(zhuǎn)錄調(diào)控，染色質(zhì)可及性分析等。染色質(zhì)可及性又稱為染色質(zhì)開(kāi)放程度，反映了染色質(zhì)的轉(zhuǎn)錄活性狀態(tài)，是研究基因表達(dá)調(diào)控的重要方向，在表觀遺傳圖譜繪制、細(xì)胞分化和發(fā)育及各類疾病的發(fā)生發(fā)展研究中具有重要的作用。
ATAC-Seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing)是2013年由斯坦福大學(xué)William Greenleaf開(kāi)發(fā)的檢測(cè)開(kāi)放染色質(zhì)的方法，其原理是利用轉(zhuǎn)座酶Tn5可切割開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域的特性，對(duì)Tn5酶捕獲到的DNA序列進(jìn)行測(cè)序。
相信很多同學(xué)都有嘗試過(guò)做ATAC-Seq實(shí)驗(yàn)，不知道大家有沒(méi)有遇到過(guò)TSS富集不好，信噪比低，IGV視圖背景高的問(wèn)題呢？經(jīng)小V的不懈努力，為大家?guī)?lái)了全新ATAC-Seq試劑盒——Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina(Vazyme #TD711)，帶你起飛！
新品介紹
Hyperactive ATAC-Seq Library Prep Kit for Illumina是Vazyme新款A(yù)TAC建庫(kù)試劑盒，兼容100 - 100,000個(gè)細(xì)胞投入量，下機(jī)數(shù)據(jù)更優(yōu)。更加穩(wěn)定和優(yōu)異的ATAC建庫(kù)試劑盒Vazyme #TD711現(xiàn)已升級(jí)上市！
產(chǎn)品亮點(diǎn)
兼容100 - 100,000個(gè)細(xì)胞投入量
TSS富集良好且IGV視圖信噪比高
性能展示
參照Vazyme #TD711實(shí)驗(yàn)流程對(duì)100 - 100,000個(gè)Hela細(xì)胞進(jìn)行ATAC文庫(kù)構(gòu)建，不同細(xì)胞投入量下的擴(kuò)增循環(huán)數(shù)如表1。結(jié)果表明：在不同細(xì)胞投入量下，Vazyme #TD711文庫(kù)產(chǎn)出穩(wěn)定，文庫(kù)峰型呈現(xiàn)典型的Ladder狀分布。
表1. 不同細(xì)胞投入量下的擴(kuò)增循環(huán)數(shù)
圖2. 不同細(xì)胞投入量下的文庫(kù)產(chǎn)出
圖3. 不同細(xì)胞投入量下的文庫(kù)峰型
下機(jī)數(shù)據(jù)更優(yōu)
將參照Vazyme #TD711實(shí)驗(yàn)流程得到的文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，下機(jī)后各樣本截取10 G數(shù)據(jù)量進(jìn)行生信分析，結(jié)果表明：TSS富集圖顯示在基因的轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)周圍富集明顯；IGV視圖顯示ATAC在關(guān)鍵位點(diǎn)上的富集情況與CUT&Tag和CUT&RUN一致，且在mRNA-seq中可以找到相應(yīng)基因位點(diǎn)，實(shí)驗(yàn)結(jié)果真實(shí)可靠。
圖4. 不同細(xì)胞投入量下的TSS富集圖
注：CUT&Tag和CUT&RUN技術(shù)采用的靶點(diǎn)為H3K4me3。
圖5.不同細(xì)胞投入量下的IGV視圖
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